Comparaison de techniques de coloration de protéines sur mini électrophorèses 2D et analyse d’images

Objectifs

À l’issue de l’atelier en biotechnologies, vous aurez acquis les connaissances nécessaires pour :

  • caractériser un protéome (extraction, séparation et analyse) par analyse d’images (scan de gel, traitement d’images informatiques) ;
  • identifier et quantifier d’éventuelles modifications protéiques d’expression (qualitatives et quantitatives) induites par différentes conditions ;
    détecter des biomarqueurs d’intérêt permettant de cibler un groupe de protéines ;
    discriminer des échantillons protéiques.

PUBLIC

Salariés ou demandeurs d’emploi se destinant à un poste de technicien, d’ingénieur ou de chercheur dans le domaine de la recherche publique ou privée, les laboratoires, les hôpitaux

PRÉ-REQUIS

  • Notions en biochimie des protéines, fondamentaux de l’analyse de protéines
  • Connaissances des méthodes d’extraction et des principes de séparation des protéines par électrophorèse bi dimensionnelle (ZD IEF, SDS-PAGE)
  • Expérience minimale des pratiques de laboratoire de base (pipetage, centrifugation d’échantillon, dosage, …)
  • Notions de statistiques appréciées (répétabilité, répétition biologique, seuil de significativité, intervalle de confiance…)
  • Fondamentaux en micro informatique

Contenus

Les participants réaliseront des électrophorèses 2D sur plusieurs échantillons biologiques à partir de protocoles expérimentaux qui seront fournis. Ils les compareront afin de relever d’éventuels différentiels protéiques qualitatifs et quantitatifs :

    • préparation des échantillons protéiques à partir de matériel biologique ;
    • coulage des gels SDS-PAGE de séparation et concentration ;
    • 1re dimension : iso-électrofocalisation (IEF) ;
    • 2e dimension : SDS-PAGE ;
    • fixation des protéines et coloration (Nitrate d’argent, bleu de Coomassie, Zinc) ;
    • analyse des gels par traitement d’image informatique (découverte du logiciel SameSpots).

Les connaissances acquises sont expérimentales, d’un niveau avancé et très spécialisées dans le domaine de la biochimie des protéines (critères biochimiques, séparation, coloration et analyse informatique et statistique).

modalités PéDAGOGIQUEs

Atelier intégré au groupe de formation initiale de Master 1 Biotechnologies ou possibilité de groupes spécifiques entreprises

Cet atelier se compose exclusivement de manipulations pratiques. Chaque participant extrait lui-même les protéines sur lesquelles il va travailler durant l’atelier : coloration, analyse des gels (1 ordinateur par personne).

Les participants, encadrés par les enseignants, devront démontrer leur capacité à mener à bien un travail expérimental, travailler de manière autonome mais également en groupe, à réfléchir de façon critique sur leur travail et à rédiger une synthèse des résultats obtenus.

Évaluation du comportement pendant l’atelier

Évaluation de la restitution des résultats obtenus sous la forme d’une publication scientifique, d’un poster ou d’une présentation orale PPT

Matériels et logiciels utilisés

  • Mini-PROTEAN® Tetra Cell (Bio-Rad) (électrophorèse 2D)
  • SameSpots (TOTALLAB) (logiciel d’analyse d’images)